Điêm khác biệt của chấm công bằng vân tay và kiểm soát cửa ra vào bằng vân tay chính là tính bảo mật cao hơn. Nếu như chấm công chỉ ghi nhận giờ ra vào của nhân viên thì ở kiểm soát cửa ra vào bằng vân tay thì ai có vân tay mới có thể vào cửa, chẳng những ưu việt về mặt chấm công mà còn có thể kết hợp với báo trộm, báo cháy...